1991 онд Тухайн үеийн Зөвлөлт Холбоот Улсын Залуучуудын Дээд Сургуулийн төгсөх курсын оюутан М.Есөнмөнх нь Олон Улсын Хүүхдийн “Найрамдал” Төвийн 2 дугаар ээлжинд скаутын хөдөлгөөнийг сонирхож байгаа Улаанбаатар, Дархан, Эрдэнэт хот, Сэлэнгэ, Дорнод аймгийн 39 хүүхэд нэг багшид скаутын талаарх сургалтыг зохион байгуулсан нь Монгол оронд скаутын хөдөлгөөн үүсэн хөгжих анхны эхлэл байсан. 

Монголын Скаутын Холбоо нь 1992 оны 4 дүгээр сарын 12-ны өдөр албан ёсоор байгуулагдаж Дэлхийн Скаутын Хөдөлгөөний Байгууллагын 136 дахь албан ёсны гишүүнээр 1994 оны 11 дүгээр сарын 5-нд элсэн орсон бүрэн эрхэт гишүүн байгууллага бөгөөд хүүхэд, эцэг эхчүүд, гэр бүлийг хамарсан цогц хөтөлбөрийг (хөтөлбөр, жилийн турш эцэг эх, хүүхдийн хэрэглэх ном гарын авлага, мэдээлэл сурталчилгааны багц, төлөвлөгөөт сургалт цөм багтсан) 30 жилийн турш тасралтгүй хэрэгжүүлж байна.

Одоогоор Монголын Скаутын Холбоо нь 19 аймаг, нийслэл хотын 9 дүүрэгт Скаутын зөвлөл байгуулан, анхан шатны нэгжүүдэд 13500 гаруй хүүхэд, багачууд, 2500 насанд хүрэгчидтэй. Үндэсний хэмжээний хүүхэд, залуучуудын хамгийн томоохон байгууллага юм. МСХ нь өөрийн үйл ажиллагаа болон санхүүгийн тайландаа жил бүр аудитын дүгнэлт гаргуулдаг бөгөөд олон нийтэд нээлттэй зарладаг.

МСХ нь Дэлхийн Скаутын Хөдөлгөөний Байгууллагын гишүүн төдийгүй мөн дараах олон улсын хэмжээний болон үндэсний хэмжээний байгууллагын гишүүн юм.

1. ДСХБ-ын “Энх тайваны элч” сангийн гишүүн
2. ДСХБ-ын “Байгаль орчны боловсрол” хөтөлбөрийн гишүүн
3. “Хар тамхигүй дэлхий” сангийн Монгол дахь төлөөлөгч
4. Хүүхдийн Оролцооны байгууллагын үндэсний сүлжээний гишүүн

МСХ нь 2005 онд Хүүхдийн оролцооны байгууллагуудын Үндэсний Сүлжээг байгуулахад тэргүүлэн оролцож 2006-2008 онуудад үндэсний сүлжээний зохицуулагчаар ажиллаж үндэсний хэмжээний томоохон сүлжээг бий болгоход ихээхэн үүргийг гүйцэтгэсэн.